Hal Ehwal Akademik MRSM Balik Pulau bertanggungjawab dalam mengawalselia perjalanan sistem pengajaran dan pembelajaran guru-guru di MRSM. Unit ini memainkan peranan penting dalam menyusun program-program pendidikan untuk mempertingkatkan pencapaian akademik pelajar maktab. Selain itu unit ini juga bertanggungjawab dalam memastikan kemudahan-kemudahan pembelajaran di MRSM sentiasa terkawal dan mencukupi seperti kemudahan komputer (Internet), buku rujukan dan lain-lain.

Unit dan jawatankuasa dibawah seliaan Unit Hal Ehwal Akademik antaranya :

  • Jabatan Matematik

  • Jabatan Sains

  • Jabatan Sains Sosial

  • Jabatan Bahasa

  • Unit Peperiksaan dan Penilaian Maktab

  • Unit Teknologi Maklumat dan Komunikasi