Semua pelajar MRSM Balik Pulau diwajibkan untuk menyertai aktiviti Ko-kurikulum. Pelajar perlu mendaftar untuk Badan Beruniform, Kelab/Persatuan dan Sukan/Permainan sebagai aktiviti luar kelas.
 
Penyertaan pelajar di dalam badan beruniform, sukan dan kelab minat adalah merupakan salah satu syarat untuk graduasi dari sistem pendidikan MARA.
 
Berikut senarai Badan Beruniform, Kelab dan Persatuan dan Sukan/Permainan yang ditawarkan di MRSM Balik Pulau:
 
Badan Beruniform
Kelab/Persatuan
Sukan/Permainan
Pengakap
Pbsm
Taekwondo
Silat
Renjer Puteri
Puteri Islam
Pertahanan Awam
Kadet Laut
Kadet Polis
Kadet Bomba
Alam Sekitar
Taranum Al Quran
Bahas / Debate
Boria
Creative Writing
Kelab Koir
Toastmasters Club
Matematik
Master Chef
Muzik (Gamelan)
Dikir Zikir
Pengguna
Usahawan Muda (1)
Usahawan Muda (2)
Sains Kreatif
Rekacipta
Robotik
Seni Tradisi
Sains Komputer
Teater
Kompang
 
Aerobik
Badminton
Bola Baling
Basikal
Bola Jaring
Bola Sepak
Bola Tampar
Catur
Bola Keranjang
Hoki
Memanah
Ping Pong
Petanque
Ragbi
Sepak Takraw
Tenis
Ten Pin Bowling
Berenang